Di origine romana e antico centro termale di villeggiatura, prese il nome di Acquas Partas per la sua ubicazione fra le sorgenti dell'Amerino e del Furipane nella valle del Naia. Le prime notizie di questo centro risalgono al 996, quando con Cesi e Sangemini entrò a far parte delle terre Arnolfe (feudo degli Arnolfi per beneficio di Ottone I). Sotto la giurisdizione dell'Abbazia di Farla nel 1118 e dei vescovi di Todi nel 1278, nel 1517 passò sotto il diretto governo della Chiesa. Visse le vicende delle lotte fra Guelfi e Ghibellini; subì gravi devastazioni ad opera dei Lanzichenecchi (1528). Eretto a Ducato nel 1588, il feudo Acquaspartano rimase ai Cesi sino all'estinzione del Casato (1880). Dopo numerose vicissitudini di decadenza e cessioni nel 1609, il Principe Federico Cesi istituì nel Palazzo Ducale la Prima Accademia Europea ospitando famosi e numerosi scienziati tra i quali Galileo Galilei.
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